새로 루비를 설치하고 gem install bundler로 번들러를 설치하면 2.0 버전으로 설치가 된다.

기존의 프로젝트들은 대부분 bundler 버전이 1.16 버전대였기 때문에 해당 프로젝트에서 bundle install을 하게 되면 이런 오류가 난 것으로 판단된다.

해당 프로젝트의 Gemfile.lock 의 bundler 버전을 확인 한 후 명시적으로 bundler 를 설치한 뒤 bundle install를 입력하면 문제가 해결된다.

gem install bundler -v 1.16.1

이렇게 해서 해결했다.